9月13日0—24時，31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告新增確診病例92例。其中境外輸入病例33例（云南14例，廣東8例，上海6例，四川2例，北京1例，福建1例，山東1例），含5例由無癥狀感染者轉為確診病例（廣東3例，福建1例，四川1例）；本土病例59例（均在福建，其中廈門市32例、莆田市24例、泉州市3例），含12例由無癥狀感染者轉為確診病例（均在福建）。無新增死亡病例。無新增疑似病例。
當日新增治愈出院病例33例，解除醫學觀察的密切接觸者605人，重癥病例較前一日減少2例。
境外輸入現有確診病例606例（其中重癥病例4例），無現有疑似病例。累計確診病例8678例，累計治愈出院病例8072例，無死亡病例。
截至9月13日24時，據31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告，現有確診病例810例（其中重癥病例4例），累計治愈出院病例89894例，累計死亡病例4636例，累計報告確診病例95340例，無現有疑似病例。累計追蹤到密切接觸者1174044人，尚在醫學觀察的密切接觸者14601人。
31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告新增無癥狀感染者20例，其中境外輸入19例，本土1例（在福建莆田市）；當日轉為確診病例17例（境外輸入5例）；當日解除醫學觀察13例（境外輸入11例）；尚在醫學觀察的無癥狀感染者401例（境外輸入362例）。
累計收到港澳臺地區通報確診病例28302例。其中，香港特別行政區12146例（出院11850例，死亡213例），澳門特別行政區63例（出院63例），臺灣地區16093例（出院13742例，死亡839例）。
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